超聲波清洗是利用超聲波的空化效應，機械效應，熱效應，直流進水和加速效應等物理效用，由于是物理作用，因此不會改變被清洗物件的性質。而超聲波清洗又具有清洗效率高，清洗效果好，實用性強等特點。隨著超聲波清洗技術的不斷進度，醫用超聲清洗已經成為超聲波清洗器的一個重要應用之一。

   超聲波清洗器用于醫療行業可以徹底清洗手術機械及手術附件的各種污漬，排出人工清洗不徹底的問題，所以國家衛生部公布《內鏡清洗消毒技術操作規范》，在規范中規定：“內鏡及附件用后應當立即清洗、消毒或滅菌…需在超聲波清洗機內清洗5--10分鐘”和采用戊二醛、環氧乙烷浸泡消毒、滅菌。在《醫療機構口腔診療器械消毒技術操作規范》中規定：牙科器械“應當采用超聲清洗”和采用環氧乙烷、戊二醛浸泡消毒、滅菌。

  下面是一些超聲波清洗器在醫療方面的主要應用：

超聲波清洗器適用于醫院等醫療機構的手術室、內鏡診室、化驗室、檢驗室、供應室、牙科、消毒中心等科室對各種手術器械、硬式、軟式內鏡及其附件活檢鉗、細胞刷、切開刀、導絲、碎石器、異物鉗、網籃、造影導管、高頻電刀和生化分析儀樣品盤、反應杯、樣品杯、加樣針、血檢、體液檢驗器皿、容器、試管、玻璃片、注射器、藥碗、口腔診療器械、材料進行高清潔度、高效率清洗、消毒。還有一些其它應用，這里不再列舉。